化學分子圖譜資料庫是記錄化合物圖譜、光譜的資料庫。GC–MS（氣相層析質譜儀）、LC–MS（液相層析質譜儀）、NMR（核磁共振光譜儀）、IR（遠紅外線儀）、Raman（拉曼光譜儀）、UV–VIS（紫外光/可見光光譜儀）……等分析儀器偵測待測物後會產生質譜圖或光譜，資料庫整合目前已知的化合物圖譜，提供研究人員方便進行資料比對，進行實驗數據的分析。