2010年正式開館營運，是臺灣第一座城市博物館，全館展示以真實的標本文物、文獻、圖片、生態造景、縮景模型及身歷其境的聲光多媒體交替運用，使展示內容更加生活化。
1. 機車／汽車:自馬公巿區沿新生路即可到達。2. 公車資訊:請選擇風櫃線(繞經澎湖國軍醫院線)及烏崁線，至孔子廟站下車。